刑法之所以将一定的行为规定为犯罪，并对其科处一定的刑罚，目的就在于通过防止犯罪行为，达到保护为该种行为所侵害的生活利益的目的。要正确理解虚开增值税专用发票罪的行为构造，解决实务中的分歧，首先要解决的是本罪保护法益是什么。
关于本罪的保护法益学界目前有发票管理秩序说、税收征管秩序说、发票管理秩序和税收征管秩序说、国家增值税税收利益说、发票管理秩序和国家税收利益说等。本文认为，虚开增值税专用发票罪的保护法益是增值税财产所有权和发票管理秩序。
（一）增值税财产所有权
增值税的计税原理决定了在虚开增值税专用发票案件中有可能存在两种情形。
第一，销项交易是真实的且行为人缴纳了销项税额，可能是全部缴纳也可能只是部分缴纳，行为人通过虚开增值税专用发票进行进项税额抵扣，但未超过销项税额。
第二，销项交易是虚构的，行为人根本没有缴纳销项税额，行为人通过虚开增值税专用发票进行进项税额抵扣，或者销项交易部分真实、行为人部分缴纳了销项税额，行为人通过虚开增值税专用发票抵扣超过了已缴纳销项税额的进项税额。
上述两种情形中，第一种虚开增值税专用发票行为的本质是逃税，行为人违反了法律赋予的纳税义务，对于国家而言，造成了应征税款的减少。第二种虚开增值税专用发票行为的本质是骗税，对于国家而言，造成了以增值税为目标的国家公共财产的减少。
本文认为，虚开增值税专用发票罪的保护法益只包括后一种情形，即涉及增值税财产所有权的情形，而不包括只涉及国家的应征税款流失的情形。需要说明的是，第二种情形从规范意义上，行为人最终造成的是国库内公款减少的结果，至于公款是否是税款或者增值税并无法厘清。但从行为人行为手段和诈骗对象考虑，其诈骗的行为手段是抵扣进项增值税，其骗取的目标是增值税税款，因此笔者为了进一步明确本罪的法益，表述为增值税财产所有权。
（二）发票管理秩序
发票管理秩序是有关发票印制、领购、开具、取得、保管和缴销的系列秩序。《发票管理办法》第3条、《税收征收管理法》第21 条明确了发票的内涵和功能。发票具有财务监督、保障国家税收收入和维护经济秩序等功能。除此之外，增值税专用发票还是记录进项、销项税额和抵扣的凭证。市场主体在进行经济活动的过程中，需要根据《税收征收管理法》《发票管理办法》《增值税暂行条例》《增值税专用发票使用规定》等法律法规和行政规章，遵守发票的使用、领购、开具、取得、作废等系列的制度要求，遵守发票管理秩序。
根据本文的法益观，即虚开增值税专用发票罪的保护法益是增值税财产所有权和发票管理秩序，且针对增值税财产所有权为抽象危险犯，即要根据一般的经济运行方式，判断是否具有骗取国家税款的危险。上述案件类型有以下三种法律适用路径。
1、可以虚开增值税专用发票罪处理
（1）虚构销项不虚构进项的走逃式虚开和利用政策票虚开，可能构成虚开增值税专用发票罪。虚构销项不虚构进项发生在为他人虚开的场合。其中走逃式虚开和利用政策票虚开的场合，行为方式中均蕴含有造成以增值税为对象的国家公共财产流失的危险。是典型的骗取增值税财产的行为，因此走逃式虚开应以虚开增值税专用发票罪定罪处罚。
在利用政策票虚开的场合，行为人利用其对发票项的交易享有增值税税收优惠政策，可以虚开增值税专用发票罪处理。
（2）既虚构进项也虚构销项中的开票公司虚开，可以虚开增值税专用发票罪处理。
（3）虚构销项不虚构进项的利用富余票虚开和既虚构进项也虚构销项的变票洗票，需进一步分类处理。利用富余票虚开的场合既可能是有意通过“票货分离” 的方式产生多余的销项，在将富余票虚开的过程中可能还会进行变票洗票，对于利用富余票虚开和变票洗票的行为，不能一概而论，需要根据一般经济运行方式判断是否蕴含有造成增值税财产所有权损失的危险。
2、可以其他犯罪处理
对于没有导致增值税财产所有权减少危险的虚开增值税专用发票行为类型，虽然不构成虚开增值税专用发票罪，但如上所述也并非一律无罪。如果造成了国家应征税款减少的构成逃税罪和虚开发票罪；如果单纯侵犯了发票管理秩序的，可能构成虚开发票罪；如果是让他人为自己虚开的场合，还可能构成非法购买增值税专用发票罪。
3、不构成犯罪
挂靠虚开的，既不构成虚开增值税专用发票罪，也不构成逃税罪、虚开发票罪等犯罪。实践商贸活动中，挂靠形式普遍存在，因经营资格等要求，挂靠方需要借助所挂靠公司的名义开展经济活动，挂靠方支付挂靠费，被挂靠公司承担相应义务。该经营形式并没有被有关法律禁止。挂靠经营的，资金、货物、物流等都是以被挂靠公司名义进行，增值税专用发票也由被挂靠公司开具符合该经营模式，不宜定罪。